Organami Zespołu Szkół Sportowych im. Sportowców Ziemi Szczecińskiej w Szczecinie są:

1. Dyrektor Szkoły – Jarosław Duda
Kieruje szkołą, jest jej przedstawicielem na zewnątrz, przełożonym służbowym wszystkich pracowników szkoły, przewodniczącym rady pedagogicznej. Sprawuje opiekę nad dziećmi i młodzieżą uczącą się w szkole. Szczegółowe zadania i kompetencje Dyrektora określa statut szkoły.

2. Wicedyrektorzy Szkoły

a) wicedyrektor ds. wychowawczych – Celina Wojtoń
b) wicedyrektor ds. dydaktycznych – Aleksandra Gwardyś
c) wicedyrektor ds. sportu – Marcin Steczek

Szczegółowe zadania i kompetencje wicedyrektorów określone statut szkoły.

3. Rada Pedagogiczna

Jest kolegialnym organem szkoły w zakresie realizacji jej zadań dotyczących kształcenia, wychowania i opieki. Do podstawowych zadań Rady Pedagogicznej należy zatwierdzenie wyników klasyfikacji i promocji uczniów, podejmowanie uchwał w sprawie innowacji i eksperymentów pedagogicznych w szkole.
Szczegółowe kompetencje Rady Pedagogicznej określa statut szkoły i regulamin Rady Pedagogicznej ZSS.

4. Rada Szkoły

Radę Szkoły stanowi reprezentacja rodziców uczniów szkoły, wybranych spośród przedstawicieli rad klasowych, nauczycieli oraz uczniów szkoły. Rada uczestniczy w rozwiązywaniu spraw wewnętrznych szkoły, a także ustala statut szkoły.
Szczegółowe kompetencje Rady Szkoły określa statut szkoły i regulamin Rady Szkoły.